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长达八年的颠沛流离，她的健康被严重地损坏了，她经常发烧卧床不起，成了一个苍老憔悴、不停咳喘的重病人。限于战争时期的医疗条件，梁思成学会了注射，每天亲自为妻子打针服药。
还有一封写给费慰梅的信也令人感叹，写的是向昆明逃难的经过：“我们在令人绝望的情况下又重新上路。每天凌晨一点，摸黑抢着把我们少得可怜的行李和我们自己塞进长途车，这是没有窗子、没有点火器、样样都没有的玩意儿，喘着粗气、摇摇晃晃、连一段平路都爬不动，更不用说又陡又险的山路了……”一路上她又发冷又发热，车子还在被称之为“七十二盘”顶上突然抛锚，全家只好几乎冻僵的摸黑走山路——在这其惨无比的境遇里，她的心情却能峰回路转：
间或面对壮丽的风景，使人比任何时候都更加心疼。玉带般的山涧，秋山的红叶和发白的茅草，飘动着的白云，古老的铁索桥，渡船，以及地道的中国小城，这些我真想仔细地一桩桩地告诉你，可能的话，还要注上我自己情绪上的特殊反应……
凭这两封信，就可以让我们体会林徽因的性情一二。在混乱的年代里，任谁都无法更改她的积极与乐观，像她自己所说：“我认定了生活本身是矛盾的，我只要生活，体验到极端的愉快，灵质的、透明的、美丽的、近于神话理想的快活。”
1950年，林徽因受聘为清华大学一级教授，被任命为北京市都市计划委员会委员兼工程师，梁思成是这个委员会的副主任。夫妇二人对未来首都北京的建设充满了美好的憧憬。他们曾着力研究过北京周围的古代建筑，并合著《平郊建筑杂录》一书，其中有一段精彩的表述：“北平郊近二三百年间建筑物极多，偶尔郊游，触目都是饶有趣味的古建……无论哪一个巍巍的古城楼，或一角倾颓的殿基的灵魂里，无形中都在诉说或歌唱时间上漫不可信的变迁。”这不像是理论研究书籍中的文字，简直是为北京地区的古代建筑唱的一首情真意切的赞美诗。在他们眼中，那些饱经沧桑的亭台楼阁、寺庙塔院也有其灵魂，它们在为昔日的繁华吟咏着缠绵悱恻的挽歌，而且是神秘的历史最可信赖的证物。
他们想把北京城这“都市计划的无比杰作”，作为当时全世界仅存的完整古城保存下来，成为一个“活着的博物馆”留给后人。然而，他们一生志业所系的古建筑研究与保护工作，尤其是北京城前景的规划，注定要在此时遭到最严重的挫败。
从1953年5月开始，对古建筑的大规模拆除开始在北京这个城市蔓延。时任北京市副市长的吴晗担起了解释拆除工作的任务。为了挽救四朝古都仅存的一些完整牌楼街不致毁于一旦，梁思成与吴晗发生了激烈的争论。由于情绪过于激动，梁思成被气得当场失声痛哭。《城记》里有这样的记载：“毛泽东对上述争论定了这样的调子：‘北京拆牌楼，城门打洞也哭鼻子。这是政治问题。’”
但更令他难过的还在后面。当时的北京还有四十六公里长的明清城墙完整而巍然地环抱着，林徽因称之为“世界的项链”。1935年，她在自己的小诗《城楼上》还曾写道：“你爱这里城墙/古墓，长歌/蔓草里开野花朵。”她有一个绝妙的构想，让城墙承担北京城的区间隔离物，同时变外城城墙和城门楼为人民公园，顶部平均宽度约十米以上的城墙可砌花池，栽种花木;双层的门楼和角楼可辟为陈列馆、阅览室、茶点铺，供市民休息娱乐、游戏纳凉。
